Droplet Dijital PCR teknolojisi
Kantitatif PCR (qPCR) günümüzde genomik DNA (gDNA) ve komplementer DNA (cDNA) seviyelerini ölçmek için altın standart haline gelmiştir. Ancak elde edilen veriler oldukça değişken, yapay ve tekrarlanamaz olabilir. Bunun en tipik nedenleri ise örnekte kalan ve polimeraz aktivitesini, primer bağlanmasını etkileyen protein ve kimyasal kalıntılardır. qPCR deneylerinden elde edilen veriler her bir döngüde (Cq) elde edilen eğrilerden alınır. Bu durumda her bir primer çifti için optimizasyon kritik öneme sahiptir. Reaksiyon verimliliği standart eğri çerçevesinde tüm örnekler için kirleticileriyle birlikte kendi aralarında tutarlı kabul edilmektedir. Yetersiz optimizasyonlar yapay Cq değerlerine ve tekrarlanması zor ve hatta yanlış yorumlanan verilere neden olabilir. Bu durumda mutlak kantifikasyon daha da karmaşık hale gelebilir çünkü kantifikasyon için harici bir referans kullanılmakta olup bu referans farklı koşullar altında optimize edilmiş kaynaklardan elde edilmektedir.
Droplet digital PCR (ddPCR) teknolojisi 2011 yılından beri ticari olarak erişilebilir bir teknoloji olup qPCR’da olduğu gibi primer ve polimerazları kullanır. Bu teknolojinin farkı ise PCR reaksiyonu öncesinde örnekleri binlerce parçaya bölmesi ve reaksiyon sonunda verileri analiz etmesi. Böylece herhangi bir harici referansa ihtiyacı olmadan mutlak kantifikasyonu gerçekleştirmekte ve PCR inhibitörleri varlığında daha kesin ve tekrarlanabilir veriler sağlar.
Kaynak