Using acetone for rapid PCR-amplifiable DNA extraction from recalcitrant woody plant taxa
Bilindiği gibi araştırmacılar için otsu veya odunsu olması fark etmeksizin bitkilerden DNA ekstraksiyonunu uygun miktar ve saflıkta gerçekleştirmek, deneysel çalışmaların daha en başında önemli bir sorun haline gelebilmektedir. Çeşitli fenolik, polisakkarit ve terpenoidler gibi bitki dokularındaki bileşiklerin ortamdan uzaklaştırılamaması özellikle PCR amplikasyon çalışmalarını olumsuz etkilemektedir. Bu sorunun üstesinden gelebilmek adına Fred E. GOUKER ve arkadaşları tarafından, PCR inhibitörleri içeren bitki materyalinden PCR uygulamaları için yüksek kalitede DNA elde etmek için basit, düşük maliyetli ve çeşitli bitki taksonlarıyla kullanılabilen hızlı bir DNA ekstraksiyon protokolü önerilmiştir.
Yayınlanan çalışmada, ekstraksiyon için CTAB metodunda olduğu gibi ek kimyasallara, fenol veya kloroforma ihtiyaç duyulmadığı gibi ekstraksiyon sonrası çökeltme aşamasında çoklu tuz veya alkol uygulamalarına da başvurmaksızın taze, kuru, dondurulmuş veya herbaryum materyalleri (16’sı odunsu toplam 22 bitki türü) incelenmiş. Sadece üç kimyasal reaktif (TE tamponu, aseton ve SDS) kullanılarak gerçekleştirilen yöntem sonucunda elde edilen DNA'ların kalitesi ve miktarı bazı herbaryum örnekleri dışında RT-PCR amplikasyon ve çoğu örneğin kantifikasyonu için başarılı bir şekilde geçekleştirilmiştir.
Kaynak
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7742202/pdf/APS3-8-e11403.pdf
Galeri
